Seinen größten Erfolg feierte der inzwischen 41-jährige Langstreckler bei den Europameisterschaften 2006 in Göteborg, als er über 10.000 Meter nach einem tollen Finish in 28:10,94 Minuten sensationell Gold gewann. Seine persönlichen Bestzeit betrugen 7:46,22 über 3.000m, 13:14,85 über 5.000m, 28:02,55 Minuten über 10.000m und 2:13:10 Stunden im Marathonlauf.
Jan Fitschen beendete im Oktober 2015 seine Leistungssport-Karriere und ist seitdem nur noch Hobbyläufer. Dem Sport bleibt er weiter eng verbunden, denn er hält Vorträge und führt Seminare zum Thema Laufen durch. Zudem hat er vor drei Jahren über viel beachtetes Buch über das Wunderläuferland Kenia veröffentlicht.
